黑珍珠是制作泰克科技装备和部分高阶物品的关键材料，击杀特定的深海生物是获取黑珍珠的主要方式之一。精英沧龙和精英鱿鱼击败后能提供大量黑珍珠，前者一次大约能掉落100个，后者则产出20至30个。广翅鲎和菊石这类深海处的生物也有几率掉落黑珍珠，不过数量较少通常不超过2个，适合作为补充来源。对付精英沧龙和鱿鱼需要具备一定的战斗力和水下作战准备，例如驯服高级的水下生物如蛇颈龙或巨齿鲨来协助。

探索特定地图的水下地点进行采集也是一个有效途径，水晶岛是采集黑珍珠的优选地图，可以驯服一条鮟鱇鱼，直接去啃食海底的黑色贝壳就能收集黑珍珠，这种方法效率较高。在仙境地图中存在多个固定的黑珍珠刷新点，例如鱿鱼窝的沉船处以及地图左侧的浅水区域，瓦尔盖罗地图的45,34坐标点附近。水下有一个充满水晶的海沟，这里也可以徒手采集到黑珍珠，并且该区域相对安全，少有精英生物出没。

驯养特定的生物可以实现黑珍珠的稳定产出，在灭绝地图中可以驯服嘎查，通过喂食特定的食物，能够将其资源产出调整为黑珍珠，从而实现持续的黑珍珠积累。地牢挑战的宝箱中也有一定几率开出黑珍珠，但这需要拥有较好的装备和技巧。可以根据当前所处的阶段、拥有的装备水平以及所在的地图，灵活选择最适合黑珍珠获取方式。