星际战甲的剧情始于玩家扮演的天诺战士从冷冻舱中苏醒，在神秘人物Lotus的引导下逐步揭开自身起源与始源星系背后的秘密。初始阶段玩家需完成沃尔的战利品系列任务，了解天诺与Orokin帝国的历史关联，同时对抗Corpus商人沃尔的追捕。这一阶段剧情为后续发展奠定基础，玩家将接触到战甲的基本运作原理及始源星系三大主要势力格局。

后期剧情以灵魂纷争和新纪之战为核心，深入探讨Sentient与Orokin的千年冲突。玩家需要平衡Grineer、Corpus与Sentient三方势力的对抗，同时揭示Lotus的真实身份与动机。该阶段包含多个关键抉择点，玩家的选择将影响部分NPC的后续互动。通过完成Erra系列任务，玩家可解锁火卫二的殁世幽都区域，接触Entrati家族并了解虚空能量的运作机制。

支线剧情方面，神秘电波任务揭示了魅影精灵战甲的来历，旧日余音任务则详细记录了吟游歌者战甲与Orokin文化的关联。每套战甲的获取任务都包含独立剧情片段，例如灵薄狱法则任务通过LIMBO定理阐述虚空跳跃原理，兵不厌诈任务展示疫变之巢战甲与Infested的共生关系。这些支线与主线剧情存在隐性关联，共同构建完整的星际战甲世界观。

剧情终章涉及双衍悖论的时空循环概念，玩家需在虚空与现实的交错中寻找解决永恒冲突的方法。该阶段引入Duviri平行时空设定，通过执刑官与执政官体系的对抗，探讨力量与秩序的哲学命题。最终剧情留下开放式结局，为后续内容发展预留空间，同时保持始源星系势力动态平衡的基本框架。