占领叛乱城市需要先将其城防值降为零，随后使用近战单位进行最后一击。远程单位无法完成占领，即使将城市血量清零也必须依赖近战单位执行占领操作。城市防御力与人口数量直接相关，人口越多城防越高，部分建筑也会提供额外防御加成。占领前建议评估目标城市的地理位置和防御强度，优先选择人口较少或处于孤立状态的城邦下手。

占领叛乱城市后需立即处理忠诚度问题，否则城市可能再次叛变。新占领城市初始忠诚度为50，受附近敌方城市压力、占领不满度和居民幸福感三重减益影响。最有效的方法是快速攻占周边敌对城市，消除外部压力源。派遣总督可显著提升忠诚度，军事总督和外交总督即使部署在邻近城市也能产生辐射效果。购买纪念碑、驻军配合政策卡、交换奢侈品提升宜居度都是辅助手段。

对于已叛变的自由城市，需重新发动军事征服。自由城市会生成两支守卫部队，建议使用纯骑兵部队配合时代大军实施闪电战。攻城时携带工人随行，占领后立即砍伐资源爆兵维持战线。若自由城市进入即将叛乱状态，可通过面包与马戏活动或宗教手段延缓进程。宗教方面需确保城市主流宗教与本国一致，否则需派遣审判官洗刷异教影响。

总督维克多（光头总督）能直接提升忠诚度，阿玛尼（女总督）可降低周围9格敌方城市忠诚度形成战略平衡。选址时避免忠诚度惩罚地块，优先选择绿色正收益区域坐城。奇观自由女神像能彻底解决管辖内城市叛乱问题，但建造条件苛刻。市政广场虽能提升忠诚度，但通常游戏前期就已建成，难以用于中期征服战。

当城市反复叛乱时，可考虑战略放弃或交易给其他文明。与敌方停战谈判时，可要求其割让叛乱城市作为和平条件。将城市出售给曾被攻击的AI往往能获得较高回报，同时分散对手城市布局。注意交易获得的城市仍需面对忠诚度挑战，建议在交易前先部署好总督或驻军。某些极端情况下，夷平难以维持的城市也是止损选择，但会积累好战度影响外交关系。