极境修行玩法是一个难度挑战比较高的玩法内容，也是检验玩家操作和练度的玩法。在这个系统中需要挑战5个不同的忍者boss，这需要玩家了解每个忍者的攻击手段和技能，以便于躲避和攻击。每个boss还分为4个难度，前三个难度有分数上限，第四个难度没有上限。在挑战之前可以选择挑战印章来给自己增加难度，难度越高自己在排行榜的名词就越高，如果有信心的话可以直接使用品级较低的忍者战斗，这就要看自己操作了。

在挑战的印章中分为孤立、干劲、强攻、长命和迅捷，每个印章都有不同的等阶，等价越高挑战获得的分数也就越高。这些印章会给玩家不同的限制，比如迅捷会让敌人的移速增加，暴走会提高敌人的战斗力，金刚会让敌人拥有可以恢复的霸体效果。玩家需要根据自己熟悉的忍者来选择对应的印章，以便于不那么克制自己的忍者的机制。极境系统有单独的极境积分任务，获得对应的积分可以达到任务的要求，也就可以领取对应的任务奖励。

选择印章时一些不涉及机制的印章效果可以选一下，比如孤立会让你禁止使用s级别的忍者，这个效果倒是不会影响战斗，还有暴走提高敌人的攻击，这个效果自己走位好一点也没多大的问题。但是一些对自己减益的效果就不要选了，一些虚弱自己的攻击，放置陷阱之类的会大大增加挑战难度。