Nod兄弟会领袖凯恩在第二次泰伯利亚战争后蛰伏多年，重新现身并策划了一场针对GDI太空防御系统的突袭。他摧毁了GDI的轨道防御网络，导致GDI太空总部费城空间站被Scrin舰队摧毁。这一事件成为战争转折点，Scrin以收割者姿态降临地球，表面目的是采集泰伯利亚，实则隐藏着更深的阴谋。凯恩则利用Scrin的科技试图实现升天计划，将人类进化至更高形态。

游戏通过数据库条目和过场影片暗示，泰伯利亚实为Scrin播种的生物武器，其扩散会逐步改造地球环境以适应外星殖民。然而凯恩的反击计划意外打乱了Scrin的节奏，最终GDI摧毁了Scrin的界限之塔，迫使外星势力撤退。但战争并未结束，凯恩在结局中带着Scrin科技消失，为续作埋下伏笔。