各式各样的场景地图是死亡细胞的核心所在，游戏本身有着15张主要地图和4张boss地图，通过购买DLC，可以额外解锁其他9张主要地图和8张boss地图。所有地图的顺序和链接方式都是提前固定的，且所有地图都会划分为了多个级别，玩家在每个级别中都只能挑战一张地图。需要注意的是，有些地图需要特定的符文才能进入，因此对新手玩家来说，通关路线还是比较固定的。

被囚者的牢房是游戏的首个区域，这里难度较低，怪物种类也比较少，主要有弓箭手、僵尸、盾兵和投弹手，是新手熟悉操作的地方。成功完成该关卡后，玩家可以找到四个不同的出口，这三个出口分别通往有罪者的大道、猛毒下水道，荒废植物园和城堡边陲。有罪者大道的怪物数量较多，但路线比较固定，一路向右即可。猛毒下水道中布满毒水和陷阱，如果玩家带有诅咒的话，很容易就会因此死亡，而怪物除了常见的僵尸之外，还有蝎子、蠕虫、蘑菇、自爆蝠等，战斗时要注意怪物的攻击模式，优先解决威胁较大的存在。

荒废植物园和城堡边陲需要购买指定的DLC才能进入，前者场景中分布着大量的植物型敌人，后者则会刷出狼人，投掷大师等恶魔单位。从有罪者大道继续前进，可以到达壁垒，这里的地形较为复杂，有很多高低落差和狭窄通道，成功通关后可以前往往黑色大桥，在这里玩家需要面对游戏中的首个BOSS看守者，战胜它后可解锁后续地图。而从猛毒下水道则可以前往旧下水道，这里的怪物配置与猛毒下水道类似，通关旧下水道之后，玩家即可前往作呕地窖，与此处的boss肿胀眼魔来进行战斗，比起看守者，它的战斗难度就要高许多了。

通关荒废植物园后，玩家可以前往腐化牢房，腐化牢房链接被遗者沼泽，在这里有着一个蜱虫之母的祭坛，如果玩家为其献祭蘑菇君，在下一个场景巢穴中，玩家就可以直接跳过与蜱虫之母的boss战，但相对的，boss奖励也就无法获取了。四阶段的场景主要由雾萦港湾，沉睡的庇护所，墓地以及崩坏神庙，后续可以通往三个不同的场景，玩家可以在此处挑战时光守护者，巨人，稻草人这三名boss。