孤岛惊魂6有两个结局。

1.正常结局：独裁者消灭反叛军，反派亲儿子死亡，主角成为反派干儿子。

2.隐藏结局：开启另一种结局的方式是在完成游戏的第一个行动Libertad Rises后，玩家可以选择留在抵抗组织中对抗独裁者的统治，或者也可以选择离开雅拉，跑到美国过着阳光普照的休闲生活。在游戏中，地图上用一个光标将玩家指向下一步的战斗，但向相反的方向开船行进一会儿就会触发快速褪色的画面。紧接着，游戏将显示主角三个月后在海滩上放松，还能从电台里听到一个主持人说，《孤岛惊魂6》的大反派安东·卡斯蒂约已经打败了叛军。